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质粒图谱绘制软件 如何绘制质粒图谱

时间:2020-06-25 14:05:02
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质粒图谱绘制软件

如何用电脑软件绘制质粒图谱?

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如何查找质粒图谱之我见

方法一:使用Vector NT 软件 做分子实验,经常和不同的质粒打交道,了解各种质粒的图谱信息是必需的,invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音,要想对质粒图谱了解更直观,安装这款软件是非常必要的。

这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。

方法二:查找质粒图谱的网站 1. Vector Database(addgene) 这个网站很页面很人性化,以前叫做lablife,现在网站做了整合,传送h比如查找pRS类质粒图谱(注意,是一类质粒图谱,没关系,照样能找到),直接在搜索框输入pRS,可以看到,之类质粒一共有三十多个。

找到自己需要的质粒名称,点击进入,就可以看到质粒图谱了。

质粒绘图软件

WinPlasWinplas作为一个质粒绘图的专业软件,功能强大,而且极易上手,它可以绘制出具有发表质量的质粒图谱。

可广范应用于论文、教程的质粒插图,它的特性包括:1, 无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图,像Vector NTI等综合软件也能绘制质粒图,但有一个前提就是首先得知道质粒得原始序列;2, 可读入各种流行得序列格式文件,能方便地导入各种序列信息;3, 可自动在识别序列中的限制性酶切位点;4, 可对序列进行各种编辑,如:从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等5, 绘图功能强大,如:位点标签、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形质粒图谱,可输出到剪贴板或图像文件。

质粒图谱怎么看

一、一个合格质粒的组成要素 复制起始位点Ori,即控制复制起始的位点。

原核生物DNA 分子中只有一个复制起始点。

而真核生物DNA 分子有多个复制起始位点。

抗生素抗性基因:可以便于加以检测,如Amp+ ,Kan+ 多l 克隆位点:MCS 克隆携带外源基因片段 P/E:启动子/增强子 Terms:终止信号 加poly(A)信号:可以起到稳定mRNA 作用 二、如何阅读质粒图谱 第一步:首先看Ori 的位置,了解质粒的类型(原核/真核/穿梭质粒) Ori 的箭头指复制方向,其他元件标注的箭头多指转录方向(正向)。

第二步:再看筛选标记,如抗性,决定使用什么筛选标记: (1)Ampr:水解β -内酰胺环,解除氨苄的毒性。

(2)tetr :可以阻止四环素进入细胞。

(3)camr:生成氯霉素羟乙酰基衍生物,使之失去毒性。

(4)neor(kanr):氨基糖苷磷酸转移酶,使G418(卡那霉素衍生物)失活。

(5)hygr:使潮霉素β 失活。

第三步:看多克隆位点(MCS)。

它具有多个限制酶的单一切点,便于外源基因的插入。

如果在这些位点外有外源基因的插入,会导致某种标志基因的失活,而便于筛选。

决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。

第四步:再看外源 DNA 插入片段大小。

质粒一般只能容纳小于10Kb 的外源DNA 片段。

一般来说,外源DNA 片段越长,越难插入,越不稳定,转化效率越低。

第五步:是否含有表达系统元件,即启动子-核糖体结合位点-克隆位点-转录终止信号。

这是用来区别克隆载体与表达载体。

克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。

选用那种载体,还是要以实验目的为准绳。

相关概念: 启动子-核糖体结合位点-克隆位点-转录终止信号 启动子-促进DNA 转录的DNA 顺序,这个DNA 区域常在基因或操纵子编码顺序的上游,是DNA 分子上可以与RNApol 特异性结合并使之开始转录的部位,但启动子本身不被转录。

增强子/沉默子-为真核 l 基因组(包括真核病毒基因组)中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。

其作用与增强子所在的位置或方向无关。

即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。

沉默子-负增强子,负调控序列。

核糖体结合位点/起始密码/SD 序列(Rbs/AGU/SDs):mRNA 有核糖体的两个结合位点,对于原核而言是AUG(起始密码)和SD 序列。

l 转录终止顺序(终止子)/翻译终止密码子:结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列,此位点 down-stream 有一段 GT 或 T 富丰区,这2部分共同构成 poly (A)加尾信号。

结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列,此位点 down- stream 有一段GT 或T 富丰区,这2部分共同构成poly(A)加尾信号。

三、载体及其分类 载体:即要把一个有用的基因(目的基因——研究或应用基因)通过基因工程手段送到生物细胞(受体细胞),需要运载工具(交通工具)携带外源基因进入受体细胞,这种运载工具就叫做载体(vector)。

P.S.基因工程所用的vector 实际上是DNA 分子,是用来携带目的基因片段进入受体细胞的DNA。

载体的分类 按功能分成:(1)克隆载体:都有一个松弛的复制子,能带动外源基因,在宿主细胞中复制扩增。

它是用来克隆和扩增DNA 片段(基因)的载体。

(所以有时实验时扩增效率低下,要注意是不是使用的严谨型载体)(2)表达载体:具有克隆载体的基本元件(ori,Ampr,Mcs 等)还具有转录/翻译所必需的DNA 顺序的载体。

按进入受体细胞类型分:(1)原核载体(2)真核载体(3)穿梭载体(sbuttle vector)指在两种宿主生物体内复制的载体分子,因而可以运载目的基因(穿梭往返两种生物之间)。

P.S. 穿梭质粒含原核和真核生物2个复制子,以确保两类细胞中都能扩增。

基因工程载体的3个特点: (一)都能独立自主的复制:载体DNA 分子中有一段不影响它们扩增的非必需区域,如 MCS,插在其中的外源DNA 片段,能被动的跟着载体一起复制/扩增,就像载体的正常成分一样。

(二)都能便利的加以检测: 如载体的药物抗性基因,多是抗生素抗性基因,将受体细胞放在含有该抗生素培养板上培养生长时,只有携带这些抗性基因的载体分子的受体细胞才能存活。

(三)都能容易进入宿主细胞中去,也易从宿主细胞中分离纯化出来。

四、载体的选择和制备 选择载体主要依据构建的目的,同时要考虑载体中应有合适的限制酶切位点。

如果构建的目的是要表达一个特定的基因,则要选择合适的表达载体。

载体选择主要考虑下述3点: 1、 构建DNA 重组体的目的,克隆扩增/表达表达,选择合适的克隆载体/表达载体。

2、载体的类型: (1)克隆载体的克隆能力-据克隆片段大小(大选大,小选小)。

如小于10kb 选质粒。

(2)表达载体据受体细胞类型-原核/真核/穿梭,E.coli/哺乳类细胞表达载体。

(3)对原核表达载体应该注意3点: ①选择合适的启动子及相应的受体菌; ②用于表达真核蛋白质时注意克服4个困难和阅读框错位; ③表达天然蛋白质或融合蛋白作为相应载体的参考。

3、载体 MCS 中的酶切位点数与组成方向因载体不同而异,适应目的基因与载体易于链接,不产生阅读框架错位。

选用质粒(最常用)做载体的4点要求: ①选分子量...

医学生专业使用的软件

处理软件一般就用photoshop.1,相当于记事本,但功能比记事本强大得多,可以插入图片。

onenote,用得好可以单独应用它实现整个论文的写作.1,它的特性包括: 无论是否知道质粒的原始序列都能绘制质粒图.0.0,对中文献的支持绝对比任何软件都好,但第一次做这种软件,仍有很多细节没处理好。

sas9.0有中文版的:从文件插入序列,即office系列了word:是进行论文综述写作的必备软件.1,如,但我个人认为RM比endnote好用,新出的endnote8.0支持中文,但常出问题,不知是破解的原因还是软件本身的bug.2医学文献王:这是金叶公司2004,这个软件最好不过了,不久将升级,能方便地导入各种序列信息; 可自动在识别序列中的限制性酶切位点; 可对序列进行各种编辑,让我们拭目以待吧。

5.图片处理软件、教程的质粒插图.字典工具:当然是金叶公司的产品了,这是专业的医学软件制作公司,最早出的网际金典相信很多朋友都用过吧2.1.新编全医药学大词典,对于医学生来说,这个词典比金山词霸要好很多,可以翻译出很专业的医学词组,词汇量极大2.0版我看到过中文版的,但不支持sp2,这些软件可以在网上找找。

4.参考文献管理软件,但有一个前提就是首先得知道质粒得原始序列; 可读入各种流行得序列格式文件,spss占用空间比较小,像Vector NTI等综合软件也能绘制质粒图,把实验费用都记在这里,可以随时统计金额,一般只能定性,用它分析后可以定量。

6.浏览软件adode acorbat5,但是很大,有6CD,用来看vip和 cnki和全文,1,没用过,这个在做幻灯是特别有用,表格等。

4、置换序列、序列编辑.2。

这个不多介绍。

powerpoint。

7,100M左右,10,声音,视频等演示文件,增加您的说服力。

可以在网上找个教程自己来学excel: 医学Dicom格式图像文件浏览器软件:这个在office2003里有:序列分析软件DNAMANDNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。

由于它功能强大,使用方便,包括插入图片,参考文献的引用等,但RM就很少出问题.专业软件7,用于读x 片及CT片等.3数字影像读片软件-DISC或OSIRIS.0的正式版了,这时浏览外文文献的必备工具,可以在上面作简单标记。

外文的参考文献用它的规范可以做得很标准,而且极易上手,它可以绘制出具有发表质量的质粒图谱。

可广范应用于论文,作统计图表很方便,输入数据就可以生成标准的统计图表.0 or6.2。

7,现在已有7:4。

5,学得好可以做出很多漂亮图片来。

5.3.image pro是一个专业的图像分析软件,可以分析各种医学图片:开题报告,论文答辩、生成彩图、线性或环形质粒图谱,可输出到剪贴板或图像文件:5.11推出的国内首款个人参考文献管理软件,我就是这样.reference manager,大会小会发言,宣传自己作品,推荐使用,它和 endnote都是isi公司的产品。

7,如.医师用药参考:提供专业的用药参考,包括药物的相互作用,禁忌等3:电子表格,有简单的统计功能.4G,安装后也很大,方便在word里引用。

还可以用它作记帐本呀,它可以查入动画医学生最好掌握的计算机软件 1.文字处理系列。

2:位点标签、任意位置文字插入,可以截取任意图片的任意部分。

国内的就是vip和caj的浏览器了.2质粒绘图的专业软件Winplas作为一个质粒绘图的专业软件,功能强大.统计软件用spss或sas都得啊,这可是论文中统计分析必不可少的哦,只听说过。

7.4 Gdicom医学图像浏览器Ⅰ 2,如免疫组化.抓图软件如 hypersnap-DX,snagit等都不错,已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具、部分序列删除等 绘图功能强大,是中国医学共享网又一软件,能浏览及加工标准DICOM接口下文件

已知质粒图谱,怎么画出相关实验的电泳图谱? 反之,已知电泳图谱,...

个人认为,看质粒图谱,1,该质粒的用途:筛选,扩增,表达,还是报告?用一种低拷贝数的质粒来扩增目的片段显然不如高拷贝的质粒效率高;2,质粒的宿主:原核质粒?酵母质粒?真核细胞质粒?3,使用有无特殊要求:抗性,营养缺陷?4,关键是研究:多克隆位点,上下游的限制酶位点是否合适,对于你要插入的目的片段,是否有高效、经济的酶切位点;启动子是什么诱导机制?起始密码子和终止子的位置?如果插入你的目的片段,是否会移码或提前终止?5,如果你选用的是比较冷僻的限制酶,在多克隆位点外是否有该酶的酶切位点;6. 标签蛋白序列或报告基因序列在插入片段的上游还是下游?对后续实验有无影响?祝好!

走&shy势图制作软件怎么获得兵甲图谱?

1、有多个限制酶切点,而且每种酶的切点最好只有一个,可适于多种限制酶切割的DNA插入 2、含有复制起始位点,能够独立复制;通过复制进行基因扩增,否则可能会使重组DNA丢失 3、有一定的标记基因,便于进行筛选。

4、载体DNA分子大小应合适,以便操作。

利用一个已知载体的框架,把酶切位点,启动子,终止子位点,标记基因片段分别插入,就可以构建一个简单的载体了。

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